NDS版《最终幻想3》是以1990年在任天堂红白机上推出的同名作品所重制，也是本作品自发售以来首度重制，游戏的故事剧情、人物设定、系统、影音表现等内容都有大幅的强化改良。

　　在NDS版中，赋予了4名登场主角明确的出身背景与个人性格，除了承袭原作的主线剧情之外，并将加入许多与主角们相关的剧情，并由曾担任《最终幻想12》、《最终幻想战略版》、《皇家骑士团》角色设定的吉田明彦重新绘制。游戏画面以全3D方式重新制作，音乐音效也经过重新编曲制作。

　　在游戏系统方面，NDS版承袭了FC版原作首度加入的转职系统，提供包括战士、骑士、猎人、武僧、龙骑士、盗贼、黑魔道士、白魔道士、风水师...等数十种职业供玩家自由转换，并修正了各职业的能力值设定，提供更高的平衡度。战斗的部分同样是以全 3D 方式呈现更为生动华丽的演出，系统部分则是承袭原作的设定，并加入新的要素，除了传统的按钮操作之外，也可以使用触控笔进行操作。