《12Riven：跳跃的时空》的故事从男主角雅堂炼丸与女主角三岛鸣海的视点分别展开。故事从一则手机短信开始：“2012年5月20日中午，一位少女将会在名为‘Integral’的大楼顶楼上被杀害……少女的名字叫作‘缪’……是你相当熟悉的名字对吧。想起当时的约定、誓言吧──”。雅堂炼丸在收到这样的手机短信后，骑着脚踏车火速前往废弃的Integral 大楼。 
　　另一方面，三岛鸣海的手机则收到学妹真琴传来的简讯，内容也是描述缪即将被害，请三岛鸣海赶紧前往阻止，否则“第贰日蚀计划”会造成世界的毁灭。抵达Integral 的雅堂炼丸与三岛鸣海，除了发现缪倒卧在顶楼外，现场还有另外一个谜一般的少年“雾寺冥”。雾寺使用着不可思议的“Ψ”能力将雅堂炼丸打倒，并夺去三岛鸣海的配枪与警徽。逃避雾寺追杀的雅堂炼丸与缪从大楼上跳进地表的游泳池，却发现自己进入了另一个无人的“A世界”……