在《遥远的时空中3》里结束了与茶吉尼天的战斗后，玩家所操纵的女主角“春日望美”回到现代，而八名过去与她一同战斗的男子也跟着来到这个时代后，却发现无法回原本世界；为了寻找原因，望美与八叶们将前往鎌仓、一座有许多怨灵潜伏的迷宫里，并透过开启许多不同的门，一步步揭开事实的真相。 
　　承袭了“遥远的时空中”系列的特色，《命运的迷宫》里也将分为恋爱的进行“绊之关”，与战斗的“圆阵”两大部分，不过还追加了全新的设计，是款与前作完全不同的作品。在本作里将分成四大部分，各为“镰仓”、“绊之关”、“迷宫”、及“异世界的记忆”，其中镰仓当然就是游戏的主要舞台，许多事件、浪漫的过程都在这里发生；绊之关则是可让玩家增加八叶的信赖、爱慕之各种事件，想跟八叶中的谁度过每一天，就看这一步了。 
　　迷宫则是强化后的战斗系统，玩家将会像玩角色扮演游戏般，在迷宫里寻找宝箱、与敌人战斗，同时也会发生各种剧情，让故事继续进行。