本作将运用NDS的机能将2D与3D紧密地结合起来，并且双屏幕使游戏更加的刺激。游戏系统基本上不变，最主要的玩法就是尽可能快的加速狂奔，偶尔变成刺猬球攻击敌人。在半空中按R键就可以二段跳，越过更宽的裂缝。新加入的一个系统是屏幕左方的一个槽，该槽蓄满的时候就可以激发飞奔模式，在一小段时间内进入无人可挡的状态。本作应用了NDS的双屏幕特性，上下屏幕是连接起来的，你可以控制索尼克从下屏幕跳到上屏幕。