游戏的内容主要是沿着故事主线发展剧情，不过根据某些参数的选择也会发展出主线剧情之外的短线分支剧情。这些短线剧情是充分体现原作角色魅力的一系列小故事，并且在地图上移动的时候，根据玩家的选择周围的环境也会发生变化。游戏第一回过关后，玩家将可以自由游玩“电脑笑游技”，这是一系列有趣的迷你游戏，另外还会得到收藏有不少珍贵图片的画廊、“银魂笑剧场”以及剧盘大厅等附加要素。本作收录的剧本总共有70话以上。

　　故事发生在江户时代末期，被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。