《幽灵行动：尖峰战士2》中，玩家将继续率领美国陆军幽灵小队的作战精英们，突入战火硝烟密布的战场执行特殊使命。在本作中，游戏的背景被设定在了2014 年的墨西哥，由于政府军与反政府起义军的大规模冲突爆发，墨西哥全境陷入了内战之中。为了应对随时可能发生的针对美国的恐怖袭击，幽灵小队在Scott Mitchell上尉的率领下进驻内战中的墨西哥。两个国家的命运被紧紧连在了一起，而玩家率领的幽灵小队则是平息战争危机的关键所在。