游戏的故事发生于FC第一作Metroid和GB第二作MetroidII Return of Samus之间。在上次对于宇宙海盗老巢Zebes星的围剿中，一些海盗侥幸逃脱，流窜于银河。他们保存了迷之生命体——Metroid。噩梦之后的心，把称霸银河之梦以及Samus带给的耻辱，都藏在深处，等着萌芽。

　　一次搜寻中，海盗接收到来自未知星球的强大物质所辐射出来的未知能量，于是海盗在这个星球上降落，这星球就是Tallon IV。经过研究，海盗发现这种物质具无比强大的能量，如果善加利用，将会得到无穷的力量。海盗把这种强大的神秘物质定名为Phazon。
　　于是，称霸银河的种子苏醒了。