本作在系统上没多大变化，基本上算是对前作的补充和完善。颇具突破性的是本作的战斗画面不仅采用了1：1真实比例机体，还起用了时下最流行的动画渲染技术，原作中大魄力的镜头得以逼真还原，代入感倍增。每作战斗前的剧情简介中都会加入动画中的熟悉场面和部分动画。本作中Seed爆发后，角色的防御、回避、命中、威力等各方面能力都会增加。