本作是移植自06年12月21日发售的PS2游戏《新世纪福音战士 机密档案》，游戏将以大人气动漫作品《新世纪福音战士》为题材制作的冒险游戏，以原作TV版中第17话到第24话（1995年10月～1996年3月）、1998年春季的剧场版故事为基础，将其间各种角色融合在一起构筑的一段全新的故事。本作尤其强调心理的描写，玩家将扮演冷静的谍报部职员剑崎キョウヤ，通过调查在ネルフ内部发生的各起事件，与葛城美里、赤城リツコ、加持良治、碇 真嗣、绫波 丽、明日香等诸位人气角色之间展开心理战，而随着交流的不断深入，主人公的心理也会发现变化。除了我们熟悉的碇 真嗣可以驾驶EVA外，原作中高人气的葛城美里也将驾驶专用机“新型EVA 乙型”登场，原作中的AT Field、同步率等也都会在游戏中再现。

　　在PSP版本中，将会增加新的CG图像及mini游戏；除普通版本之外，还将有售价为5780的初回限定版发售，将附赠PSP 收纳盒及液晶保护膜等珍贵赠品。