“Master模式”中收录了原作剧情的故事模式。其中收录了修业结束的鸣人回到木叶村,与同伴再会以及遇到新敌人等等一些事件。玩家可以在原作创造的世界中自由活动。同时,在忍者的移动方法以及剧情间歇中还插入了非常丰富有趣的迷你游戏。