《超执刀：二次鉴定》的故事发生在近未来的2018年，玩家要扮演的依然是前作中的主人公、刚踏入医疗界的年轻医生月森孝介。尽管医疗技术水平有了很大进步，但人类依然被一种名为“Guilth”的神秘不治之症所困扰，而游戏中的“超执刀”组织就是一个暗中活跃着并致力于消除这种恐怖疾病的秘密组织。除了月森孝介外，本作中还加入了一名同样有着特殊能力的天才美女医生ミラ·キミシマ，她对多个国家的医学都有着深入研究，此行赴日是为了留学参观，她与月森孝介之间的关系究竟会怎样发展呢？游戏将为我们解开一切。

　　这款游戏的特点，同其标题“双超执刀”一样，将对应Wii“双截棍”手柄的动作感应功能，而不再是前作那种用一只手控制触控笔，本作需要玩家充分利用双手去完成各种各样的手术，其中手术道具被设置在8个方向，由左手柄的摇杆进行即时切换，大大加快了手术的动作，无论是操作感还是紧张感都得到了大幅度的提升。本作中还增加了新的手术道具（如心脏起博器等）以及新的手术项目（如复杂骨折等），随着游戏的发展还将有50种以上的迷你游戏登场，加之不同难度的选择，无论是新手还是NDS版的老玩家都能够体验作为医生的乐趣。