漫画《怪医秦博士》是日本著名漫画家手冢治虫的30周年纪念作品，讲述无执照医生黑杰克通过手术上演了一幕幕感人的故事。NDS游戏《怪医秦博士 火之鸟篇》就是以这部漫画为基础改编的冒险游戏，本作还将收录原创章节，喜欢漫画《怪医秦博士》的玩家绝对不容错过。

　　游戏的进行以秦博士的房间「诊疗室」为中心而展开。可以到“七色鹦哥侦探事务所”取得信息，而到「新宝岛」「刺生庵」进行手术前的准备等。

　　手术操作的将使用触控笔根据画面指示作出相应的动作（划线）。根据准确度给出「OK」，「GOOD」，「GREAT」的三个等级的评价，持续GOOD以上评价将会得到额外的奖励，而食物将导致患者体力的减少，直至最后死亡。

　　手术前进的每话都会插入「集中治疗」，「整形手术」，「苏醒策略」等针对不同患者的小型游戏。治疗完成时则会得到相应的分数，根据分数的高低得到报酬。但也有和原作故事一样的，也有个别患者是无法获得报酬的。手术失败了的话就是GAMEOVER。

　　本作剧情总数超过30话以上，内容非常丰富。另外，游戏中还有40名以上的《铁臂阿童木》、《三眼神童》、《火之鸟》等手冢治虫漫画作品中的角色客串登场。